A história de Guapimirim remonta do período do Brasil Colônia, entre os séculos 16 e 18, com a aparição da Serra dos Órgãos e do rio Guapimirim em mapas e cartografias da época e com a fundação da capela de Nossa Senhora D’Ajuda, padroeira da cidade. Em 1755 é criada, por meio de alvará, a Freguesia de Nossa Senhora D’Ajuda de Aguapehy-Mirim, anexada à Vila de Santo Antônio de Sá de Macuco.
Em 1892, o Distrito de Guapimirim é subordinado ao município de Magé. Em novembro de 1990, “Guapi”, como os munícipes se referem carinhosamente à cidade, foi emancipada. A primeira administração foi instalada em 1993, a partir das eleições ocorridas no ano anterior.